apt-get -o Acquire::http::Proxy= "http://10.2.1.254:3128" update
Cosas a observar:
- No olvidar las comillas.
- Reemplaza la ip por la del equipo que tenga el proxy.
- La opción -o está entre el apt-get y el update.
- Probado en linux mint 17.3 Rosa
https://forums.linuxmint.com/viewtopic.php?f=157&t=137533